Transkriptom
ANALYTICAL SERVICES · RNA-ANALYSEN
Das Transkriptom als Datengrundlage: Genexpression, Isoformen und Spleißvarianten.
Übersicht
Die Transkriptomsequenzierung zeigt welche Gene und Isoformen auf RNA Ebene exprimiert werden und ob Spleißvarianten vorliegen. Damit werden genomische Daten um eine funktionelle Ebene, die Ebene der tatsächlichen Genexpression, ergänzt.
Während auf DNA-Ebene genetische Information sichtbar werden, zeigt das Transkriptom, welche Gene transkribiert und potenziell in Proteine übersetzt werden. Aus Trankriptom-Daten lassen sich Expressionslevel, Isoformen und Spleißvarianten ableiten.
Abhängig von der Fragestellung kann der Fokus entweder auf proteinkodierenden Transkripten (mRNA) liegen oder der gesamten RNA (Total RNA).
Während auf DNA-Ebene genetische Information sichtbar werden, zeigt das Transkriptom, welche Gene transkribiert und potenziell in Proteine übersetzt werden. Aus Trankriptom-Daten lassen sich Expressionslevel, Isoformen und Spleißvarianten ableiten.
Abhängig von der Fragestellung kann der Fokus entweder auf proteinkodierenden Transkripten (mRNA) liegen oder der gesamten RNA (Total RNA).
mRNA oder Total RNA Selektionsstrategie je nach Fragestellung
Illumina-Plattform Sequenzierung mittels Short-Read Sequencing
Modular Einzeln oder auch als Gesamtpaket buchbar
Individuell Beratung zur passenden Sequenzierstrategie
Highlights
Besonderheiten des Service
- Modularer Aufbau: buchbar als Gesamtpaket oder in Teilschritten.
- mRNA oder Total RNA: je nach Fragestellung ist die Sequenzierung der plroteinkodierenden Transkripte oder weiterer RNA-Spezies möglich.
- Fachliche Begleitung: von der Probenberatung über die Sequenzierung bis zur Unterstützung bei Bioinformatik und Interpretation.
- Diagnostik-Erfahrung: langjährige Expertise aus der genetischen Diagnostik am MGZ.
Anwendungen
Transkriptomdaten sind relevant, wenn die Expression von Genen im Mittelpunkt der Fragestellung steht. Dies kann von der funktionellen Charakterisierung einzelner Varianten bis zu grundlegenden Forschungsfragestellungen reichen.
- Funktionelle Charakterisierung von Varianten: Analyse der Auswirkungen bestimmter Sequenzvarianten auf RNA-Ebene
- Kohortenstudien: Vergleich von Expressionsmustern zwischen Gruppen zur Identifikation gruppenspezifischer Unterschiede.
- Onkologische Forschung: Untersuchung von Expressionsveränderungen in Tumorgewebe, unter anderem im Zusammenhang mit genomischen Befunden.
- Epidemiologische Studien: Analyse von Expressionsmustern im Zusammenhang mit Erkrankungshäufigkeiten oder Risikofaktoren in größeren Populationen.
- Differentielle Genexpression: Änderungen der Genexpression zwischen verschiedenen Bedingunngen zur Untersuchung zugrundeliegender biologischer Mechanismen, Biomarker und möglicher Therapieansätze.
Spezifikationen
Material- und Sequenzieranforderungen richten sich nach Ausgangsmaterial und der geplanten Downstream-Analyse.
Sie können uns entweder biologisches Ausgangsmaterial (Blut) oder bereits extrahierte RNA zusenden.
Sie können uns entweder biologisches Ausgangsmaterial (Blut) oder bereits extrahierte RNA zusenden.
- Biologisches Ausgangsmaterial: Das MGZ übernimmt die RNA-Extraktion mit einem für die geplante Downstream-Analyse geeigneten Extraktionsverfahren
- Bereits extrahierte RNA aus allen Gewebearten von allen Spezies mit einer minimalen RIN ≥ 7
Materialanforderungen
| Ausgangsmaterial | Extrahierte RNA-Menge | Qualitätsanforderungen | Empfehlung zur Library Preparation |
|---|---|---|---|
| PAX-Blut | 250 ng | RIN ≥ 6 | Globin Depletion empfohlen |
| Fibroblasten | 250 ng | RIN ≥ 7 | Globin Depletion nicht erforderlich |
| Zellkulturen | 250 ng | RIN ≥ 7 | Globin Depletion nicht erforderlich |
Sequenzierung und Analyse
| Selektionsstrategie | Erfasste RNA-Spezies | Readzahl | Run-Konfiguration |
|---|---|---|---|
| stranded mRNA-Sequenzierung | polyA Capture für mRNA | 100 Mio Read Paare | 2 x 150 bp |
| Expressionsanalyse | polyA Capture für mRNA | 20 Mio Read Paare | 2 x 150 bp |
| stranded Total-RNA-Sequenzierung | mRNA und zusätzliche RNA-Spezies | 100 Mio Read Paare | 2 x 150 bp |
Verwandte Leistungen
Je nach Fragestellung und Projektstand können weitere Leistungen der Analytical Services relevant sein.
FAQ
Was ist eine Transkriptom-Sequenzierung?
Die Sequenzierung von RNA-Molekülen zur Analyse der Genexpression, der exprimierten Isoformen und von Spleißvarianten.
Was unterscheidet mRNA- und Total-RNA-Sequenzierung?
Die mRNA-Sequenzierung reichert proteinkodierende Transkripte an. Total-RNA-Sequenzierung (rRNA Depletion) erfasst zusätzliche RNA-Spezies, darunter nicht-codierende RNA.
Wann ist eine Globin Depletion sinnvoll?
Bei Vollblut kann ein hoher Anteil an Globin-Transkripten die übrigen Expressionsdaten überlagern. Eine Globin Depletion reduziert diesen Anteil. Bei RNA aus Gewebe oder Zellkulturen ist sie meist nicht erforderlich.
Kann ich nur einzelne Prozessschritte beauftragen?
Ja. Das MGZ kann ab der RNA-Extraktion, der Library Preparation, der Sequenzierung einer fertigen Library oder der bioinformatischen Analyse einsteigen. Die passende Kombination wird individuell abgestimmt.
Kann ich fertige Libraries zur Sequenzierung einreichen?
Ja, sofern Library-Typ, Selektionsstrategie und QC-Daten den Anforderungen entsprechen. Details unter „Ready-to-load Sequencing“.
Auf welcher Plattform erfolgt die Sequenzierung?
Auf der Illumina-Sequenzierplattform.
Welche Unterstützung bietet das MGZ bei der Auswertung?
Ja, das MGZ unterstützt auf Wunsch bei der bioinformatischen Analyse und der Dateninterpretation. Der Umfang dieser Unterstützung wird projektabhängig festgelegt.